Яне Сандански не одобрява взетото от Солунския конгрес на ВМОРО решение за въстание в Македония и Одринско през 1903 г. Той се противопоставя и не се включва в подготовката на Илинденско-Преображенското въстание от 1903 г. Среща се с дошлия от София Гоце Делчев и с него участва в голямата среща на 70 – 80 активни революционери от окръга в Каракьой, на което присъстват чети от Неврокопска, Мелнишка, Демирхисарска, Поройска, Драмска и Серска околия на окръга. Под натиска на Делчев Сандански се съгласява на извършване на пробен атентат – атентата при Ангиста. На 8 февруари води първото сражение с турци в Мелнишко в село Долни Орман, в което 8 четници се сражават с 460 души войска. Четата на Сандански дава трима жертви, а турците – 19. След това Сандански на 19 април пристига в София за да уреди снабдяване с оръжие. През май се връща в Македония с чета от 30 души, в която влизат Никола Наумов, Пейо Яворов, Димитър Стефанов, Любомир Харизанов, Александър Радославов, поручик Наумов и подпоручик Ангелов. Все пак заедно с отреди на ВМОК участва с четата си в сражения срещу турците в късната фаза на бунта през септември, т.нар. Кръстовденско въстание. Въстанието започва на 27 септември (14 септември) 1903 г. Сражения се водят почти по цялата територия на Серския революционен окръг. В тях заедно участват Яне Сандански, кап. Юрдан Стоянов, полковник Янков. Борбата сближава бившите противници от ВМОРО и ВМК и те с обединени сили действат срещу турския аскер. Революционерът Георги Белев свидетелства, че при срещата на Яне Сандански с Иван Цончев в местността „Тумба“ в Пирин генералът казва:

„ Сандански, в България, при мирно време бехме противници, сега, в поробена Македония аз ви подавам моята братска, другарска ръка. Приемете я за благото и доброто на борческа Македония! “

След това двамата се ръкостискат и прегръщат, а всички четници и войводи викат „Ура“.